北京大学医学图书馆源于1922年7月成立的国立北京医学专门学校图书馆。以后将近百年的沧桑变化间,由于学校改革,曾更名为国立北京医科大学校图书馆、北平大学医学院图书馆、北京医学院图书馆、北京医科大学图书馆。2000年4月,由于北京医科大学与北京大学合并,图书馆易名为北京大学医学图书馆。现馆建筑于1989年建成并投入使用。
医学图书馆馆舍面积为10200平方米,提供阅览座位600余个,自助借还机1台,读者检索用机6台。藏书以生物及医药卫生类为主,截止到2014年底,共有各类藏书63万余册,另外还开展了通借通还业务,可以借阅北大中心馆与各附属医院的藏书。收藏有中外文纸本期刊4000余种,其中中外文现刊794种,报纸60种。订购电子数据库97个,中外文电子期刊61409种(含外文刊27480种)。图书馆特藏包括珍、善本古代图书,其中有中国大陆唯一珍善本—手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100册。
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