自1993年成立「慈济基金会骨髓捐赠资料中心」之后,本中心即致力於人类免疫基因组织类型(HLA)检验技术的研发,并与世界同步,引进造血干细胞移植科技。為因应科技之改良与进步,本中心於2002年元月开始收集脐带血,并於2002年4月30日,正式改制為「慈济骨髓干细胞中心」,下辖免疫基因实验室、脐带血库、临床医学暨研究组、捐赠活动暨关怀组、资料库暨行政组等五个部门,以正式的非营利组织形式,推动造血干细胞及脐带血捐赠。及至十月份,卫生署通过将非亲属周边血移植列為常规治疗后,本中心亦积极引进相关技术,并於2003年8月,完成首例非亲属周边血造血干细胞移植。
慈济骨髓库,是亚洲最大,世界第三骨髓库,由台湾地区佛教大师证严上人创办的慈济基金会建设。已通过ISO9001认证。截至2006年九月底,中心供髓区域总计二十五个国家。