北京医药行业协会于2000年8月经市民政局批准,2001年4月正式挂牌成立,是依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。协会以北京地区医药、医疗器械工商企业、相关科研、大专院校单位为会员,现有会员600多家。协会下设中药、化学制药、生物制药、医疗器械、医药商业、原料药六个分会,以及中药饮片、义齿、制药工程技术和连锁药店四个专业委员会。协会以“团结、创新、引领、服务”为方针,坚持服务宗旨,勤奋履职,获得各界好评。2010年被北京市民政局首批评定为“5A”级社会组织,2015年和2020年协会两次都通过市民政局“5A”级复评,连续确定了协会“5A”级社会组织称号。2010年3月经市人社局批准,注册成立了北京市第二十六(医药)职业技能鉴定所, 2013年鉴定所被北京市民政局评定为“5A”级社会组织。