纪念馆内现存三处南京大屠杀“万人坑”遗址，分别展示了1984年、1998-1999年以及2006年发现的遇难同胞遗骸。2015年12月，“三个必胜”新展馆和分馆南京利济巷慰安所旧址陈列馆建成后，纪念馆总占地面积10.3万平方米，建筑面积5.7万平方米，展陈面积达2万平方米。分布有7处广场、23座单体雕塑和一座大型组合雕塑、8处各种形式的墙体、17座各种造型的碑体。
纪念馆是关于南京大屠杀历史、日军“慰安妇”制度、世界反法西斯战争胜利的综合型博物馆，大量的文物、照片、历史证言、影像资料、档案以及遗址对历史真相做了完整的阐述，每年都会投入资金对南京大屠杀幸存者、“慰安妇”制度受害者、抗战老兵等群体进行援助。
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